阻碍执行军事职务罪与行为人的主观心态、客观表现方式方面有相似之外，但也有明显的区别：1、侵害的客体不同。阻碍执行军事职务罪侵害的客体是军队任务的正常执行活动，是军事利益，聚众扰乱社会秩序罪则是社会秩序。2、侵害的对象不同。阻碍执行军事职务罪侵害的对象，必须是军队的指挥、值班、值勤人员，聚众扰乱社会秩序罪则是针对特定的机关、单位等。3、主体要件不同。阻碍执行军事职务罪的主体要件只能是军人，聚众扰乱社会秩序罪的主体要件则是军内外人员均可构成。4、犯罪手段不尽相同。阻碍执行军事职务罪是使用暴力、威胁方法，聚众扰乱社会秩序罪的犯罪手段则是多种多样的，如暴力袭击、强行侵占、冲击、哄闹等。5、犯罪结果不同。阻碍执行军事职务罪不一定造成具体的危害结果，而聚众扰乱社会秩序罪必须是情节严重，使国家、军队、社会遭受严重损失的，才构成犯罪。