两罪在主观心理状态方面是相同的，都是基于故意；在客观方面都是以暴力和威胁方法为犯罪手段，实施了阻碍执行职务的行为。其区别是：
    1、主体要件不同。阻碍执行军事职务罪的主体要件为特殊主体，即只能是军人；的主体，是一般主体，即可以是任何达到法定刑事责任年龄、具有的人。
    2、侵害的客体不同。阻碍执行军事职务罪侵害的客体是军职任务的正常执行活动，侵害的对象是军队的指挥人员、值班人员、值勤人员；妨害公务罪侵害的客体是社会管理秩序，侵害的对象是国家机关工作人员。这是认定和区分两罪的关键所在。例如军人以暴力、威胁方法阻碍国家工作人员执行职务的，以妨害公务罪论处。