1、区分合法行为与犯罪的界限。根据《渔业法实施细则》第19条的规定，因科学研究等特殊需要。在禁渔区、禁渔期捕捞或者使用禁用的渔具、捕捞方法，或者捕捞重点保护的渔业资源品种，只要经过省级以上人民政府渔业行政主管部门批准，即为合法，不构成非法捕捞水产品罪。

　　2、区分一般违法行为与犯罪的界限。不具备情节严重的非法捕捞水产品的行为，如未按渔业法规定取得捕捞许可证而擅自进行捕捞，数量不大的；使用禁用的渔具和方法捕捞水产品但未造成严重危害后果的；偶尔违反捕捞许可证关于作业类型、场所、时限等方面的规定进行捕捞的，属于一般违法行为，尚未构成犯罪，由渔业主管部门或公安机关予以行政处罚。情节是否严重，是区分两者的标准。