这两种犯罪主观方面都是故意，动机都是给国家机关施加压力，以实现个人不合理要求：在客观方面都是聚众进行，包括有时使用暴力手段进行扰乱。两者的主要区别，是发生地点与侵犯对象范围不同。前者发生在公共场所或交通要道，侵犯的是公共场所秩序、交通秩序；而后者发生在机关、企业、医疗、科研单位或学校，侵犯的是机关、单位的秩序。

更多关于聚众扰乱公共场所秩序、交通秩序罪常见问题详见http://www.scxsls.com/a/20110701/18531.html