1、侵犯的客体和犯罪对象不同。前者侵犯的是国家对金融票证的管理制度，犯罪对象是汇票、支票、本票、委托收款凭证、汇款凭证、银行存单、信用证或者附随的单据、文件，以及信用卡等金融票证；后者侵犯的是国家对一般有价证券的管理制度，犯罪对象是上述金融票证以外的其他有价证券，如国库券、政府债券、股票等。

2、两者在客观方面表现不同。后者把数额较大作为构成伪造、变造有价证券罪的要件，前者则否。

3、法定刑轻重不同。前者为重，后者为轻。